材料采购。应对供应商进行现场考察、评估，建立可靠的监控措施，原药供应商要有相应原药的农药三证。供应商如有生产工艺或存放地点等有变更，需要书面告知，如果为原药供应商，在同一厂区新增活性组分物料或发生上述变更还应要求供应商进行风险评估。另外，在签订采购合同时一定明确产品指标，一定要将采购产品的残留杂质的法规参数规定清楚，并确保这些规格参数符合法规要求，与配制制剂的原药登记规格一致。
建立完善的物料检验制度，包括标识、完好性、洁净度等，液体原料为全新包装或为专用槽车/包装桶。物管员核对原料包装外观无误后进行报检，所有原料经过质检部的抽检合格后，方可办理入库手续，任何人不得私自安排卸货。
（4）物料储运。产品入库前库管员也要检查产品包装质量及标识。库存物料除了按化学品矩阵表存放外，同样要考虑产品的预防交叉污染需求。成品库宜独立设置，产品存放做好防护，最好储存在货架上，标识唯一、齐全醒目，尤其是检验状态标识。建立产品放行制度，货物出运时要求专人负责并确认签字。生产现场的原辅料、残存料、返工/回收料、废弃物、垃圾也要进行妥善保管、分区存放，标识清楚。
生产区内不同活性的物料采用专用交通工具运输，产品出厂或市场返货尽量避免不同活性组分产品同车运输，禁止野蛮搬运，避免包装物破损。不同活性组分物料在厂区内的运送路线重叠也存在交叉污染风险，如咪草烟系列产品中磺酰脲类组分含量要求非常低，故厂区内这两种物料的运送路线要尽量分开。
3.气流污染源
当生产现场通道未密封，场所不能形成正压排气，粉尘随风飘移可能造成交叉污染，尤其是北方风大且经常刮风的地区。为了预防气流污染源粉体加工车间排风系统要点检并及时更换扑集袋，不同活性物质的通风系统不能交叉使用。不同活性物质工作现场之间要设立隔离墙，门窗洞口封堵严密。进出有活性组分存在的场所应设风淋。
4 .变更
变更是引起交叉污染的最直接的途径，尤其是生产线发生产品变更、储存场所品种变更或直接与活性组分接触的设备/包装物利旧。
预防与控制措施：
（1）原则上非除草剂不可以与除草剂共用一条生产线或分包装线，也就是说必须确保除草剂与非除草剂的生产单元均完全独立。如果同一生产线前后生产不同类型产品，视为产品变更，必须执行严格的清洗措施。因此，农药生产企业需制定变更管理程序，变更要在受控状态下进行并留档被查。
（2）进行交叉污染风险评估，内容涉及所有活性组分产品、生产单元设计布局、生产单元的分隔、清洗要求和清洗能力、生产和分析实践，并形成文件。
一个生产企业会拥有多个生产车间甚至一个生产车间又有多个生产单元同时生产不同品种，当发生变更或新增活性组分时要慎重考虑所有活性组分单元布局，要确保除草剂与非除草剂生产/储存场所分离，“高活性除草剂”与“常规及低效除草剂”分开。
各生产单元之间要进行“隔离”，即没有任何公用设备，如有必须共享的设施，如真空管路、蒸汽、压缩空气等要安装止逆阀，闲置管路拆除或加盲板。
对生产单元来说最高的交叉污染风险点是死角，死角易出现物料沉积而导致污染，这种污染不仅来源于目前的生产活动，甚至有很早以前积累下来的。这种原料有可能突然释放，同时对后来生产的一批甚至几批产品造成影响，因此发生变更要立即进行清理清洗。完整的清洗程序应包括并不限于：①正确的清洗清洁标准限值；②规范的清洗方法；③配套的分析能力；④完整的记录档案和留样。所有清洗标准限值的计算方法都需要以文档的形式保存至该产品整个生命周期为止。《农药产品生产的交叉污染预防指南与最佳实践》提供了计算除草剂清洗水平（以生物学为基础）的方程如下：
其中：
AR： 后续制剂产品最大施用量，用克制剂/公顷或者毫升制剂/公顷来表示；
NOEL： 在后续产品登记的所有作物中，对前一个产品活性组分最敏感的作物上无可见作用剂量，用克活性组分/公顷表示；
SF： 安全系数， 到10不等。每一个后续客户根据自己公司风险管理政策，定义SF的值。
如果清洗标准限值高于法定接受值，这个数值必须不超过1000ppm
按照清洗规程进行清洗后要目测检查，若发现设备上有任何物料痕迹（灰尘、结块和/或表面染色）就需要重新清洗。
三、措施评价
企业应对辨识出的交叉污染风险及控制措施定期进行评价，验证控制措施的有效性，并从中发现新的潜在风险或更为有效的控制措施，实现预防交叉污染的持续改进。